ODTÜ Biyoenformatik Kursu II – 2014 Geri Sayım Başladı…

 

Bu sene yeniden düzenlenen ODTÜ Biyoenformatik Kursu Türkiye’nin 21 farklı şehrinden, 33 farklı üniversiteden 92 katılımcı ile gerçekleştirildi. Tükçev’in destek sponsoru olduğu etkinlik ODTÜ Kimya Bölümü öğretim üyesi Prof.Dr.Mahinur Akkaya başkanlığında Biyans Biyolojik Ürünler Ltd. Şti. firması tarafından organize edilmiştir.

ODTÜ Biyoenformatik Kursu 2014 Programı

17 EYLÜL 2014
Yrd. Doç. Dr. Aybar Can Acar / ODTÜ Enformatik Enstitüsü
• RNA-seq expression
• Data mining / ML methods (clustering, classification, R and other DM programs)
Yrd. Doç. Dr. Bala Gür Dedeoğlu / Ankara Üniversitesi Biyoteknoloji Enstitüsü
• Microarray
• Pathway analysis tools
• Real- time RT-PCR and data analysis.
18 EYLÜL 2014
Yrd. Doç. Dr. Tolga Can / ODTÜ Bilgisayar Mühendisliği
• PPI networks,
• Signaling pathways,
• Gene regulatory networks: Analysis, Prediction, Modeling
• Introduction to Systems Biology: Pathways, Gene regulatory network, Protein-protein interaction networks
• Databases: KEGG, MetaCyc, String, BIND, etc.
• Access to databases by programming: E.g., with Java – using web services to access the KEGG database
• Introduction to Graph Theory: representation of graphs, simple graph traversal algorithms
• Representation of genome scale PPI networks in programs: the adjacency matrix, sparse representation
• Network analysis by programming: finding clusters, paths, simple graph alignment
• Using the Pajek tool to analyze graphs
• Brief introduction to Cytoscape
Ahmet Raşit Öztürk/ Erciyes Üniversitesi GENKÖK
• Biological network visualization techniques
• New interactive visualization approaches

19 EYLÜL 2014
Yrd.Doç.Dr.Yeşim Aydın Son / ODTÜ Enformatik Enstitüsü
“Genotyping, Genome Wide Association Studies and SNP Prioritization” by Assist. Prof.Dr. Yeşim Aydın Son:Fundamentals of analysis of genomic variations and polymorphisms will be given.  The practical session will include introduction to PLINK for GWAS and several SNP prioritization and annotation tools, such as SPOT, METU-SNP and SNPNexus.
Doç. Dr. Hasan Oğul / Başkent Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği
• File/sequence/string processing
• Perl syntax
• Perl references: arrays and hashes
• Strings and regular expressions
• File handling and directory operations
• Sequence analysis: alignments, BLAST, motif search
• Harnessing existing tools and databases: BioPerl, NCBI’s eUtilities, PROSITE

Detaylar için; www.biyoenformatikkursu.com

Comments are closed.